BPIU2K Karangasem, Bali, awalnya didirikan pada tahun 2008 dengan nama Satker Pengembangan Kawasan Perikanan dan Kelautan, di bawah naungan Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya, Kementerian Kelautan dan Perikanan (saat itu masih Departemen Kelautan dan Perikanan). Terletak di Desa Bugbug, Kecamatan Karangasem, Kabupaten Karangasem, Provinsi Bali, satker ini berfokus pada pengembangan kawasan perikanan dan kelautan.
Pada tahun 2009, Satker tersebut bertransformasi menjadi Broodstock Center Udang Vanname (BCUV) Karangasem, Bali, sebagai Instalasi yang dikelola dan diawasi oleh Balai Budidaya Air Payau (BBAP) Situbondo, sebuah Unit Pelaksana Teknis (UPT) di Panarukan, Situbondo, Jawa Timur. Fokus utama dari BCUV adalah produksi induk udang Vanname yang unggul.
Pada tahun 2011, BCUV Karangasem bergabung dengan Instalasi Balai Budidaya Laut (BBL) Lombok, yang berlokasi di Tigaron, Karangasem, dan menangani kekerangan seperti kerang abalone dan tiram mutiara. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No.KEP.28/MEN/2010, BCUV Karangasem berdiri sendiri sebagai Balai Produksi Induk Udang Unggul dan Kekerangan (BPIU2K) Karangasem, Bali, dengan tugas utama memproduksi induk udang unggul dan kekerangan untuk mendukung perikanan budidaya di seluruh Indonesia.
Peresmian BPIU2K Karangasem dilakukan oleh Presiden RI, Susilo Bambang Yudhoyono, didampingi oleh Ibu Negara, Menteri Kelautan dan Perikanan, Gubernur Bali, Bupati Karangasem, serta undangan dari berbagai instansi pemerintah dan swasta.